Изучение клинико-генетических аспектов развития рака предстательной железы в казахстанской популяции на основе таргетного ДНК-типирования и секвенирования
Название проекта:AP19680315 «Изучение клинико-генетических аспектов развития рака предстательной железы в казахстанской популяции на основе таргетного ДНК-типирования и секвенирования».
Приоритетное направление: 6. Наука о жизни и здоровье
Специализированное направление: 6.5 Мультиомные и биоинформационные технологии в фундаментальных и прикладных исследованиях
Вид исследования: Фундаментальные исследования
Срок реализации: 2023-2025 гг.
Руководитель проекта – Жунусова Г.С., PhD
Научная новизна и актуальность проекта:
Рак предстательной железы(РПЖ) является вторым по заболеваемости типом злокачественного новообразования и пятой причиной смертности от онкологических заболеваний у мужчин в мире, составляя 14,1% и 6,8% зарегистрированных случаев, соответственно. Согласно данным онкологической службы Казахстана, в 2021 году РПЖ занимал третье место по заболеваемости и четвертое место по смертности от онкологических заболеваний среди мужчин.Генетика рака предстательной железы, в частности связь патогенных герминальных мутаций с риском развития РПЖ недостаточно изучены. К сожалению, в настоящее время имеется мало данных о спектре и частоте встречаемости таких генетических вариантов в различных популяциях, и в казахской популяции, в частности. Идея проекта заключается в поиске подходов к своевременной диагностике РПЖ путем выявления популяционно-специфических генетических маркеров, связанных с риском развития рака, и их ассоциации с диагностическими и прогностическими биомаркерами. Современные методы таргетного SNP-генотипирования и NGS-секвенирования являются ценными и надежными диагностическими инструментами для проведения массивного параллельного скрининга, как можно большего количества генов, что позволит быстро и эффективно выявить ряд полиморфизмов и мутаций, ассоциированных с развитием РПЖ.
Цель проекта: — Провести комплексный анализ мутаций и полиморфизмов генов, ассоциированных с развитием рака предстательной железы в казахстанской популяции и определить клинически значимые, диагностические и прогностические генетические маркеры.
Задачи проекта:
- 1. Сформировать выборку пациентов с РПЖ и условно здоровых людей, с учетом этнической принадлежности и возраста.
- Провести таргетное SNP-генотипирование и NGS-секвенинрование генетического материала пациентов с раком предстательной железы и условно здоровых добровольцев, с последующим биоинформационным анализом.
- Определить ассоциации патогенных мутаций с клинико-морфологическими характеристиками больных.
- Провести ассоциативный анализ исследуемых полиморфных генетических маркеров с риском развития рака предстательной железы в этнической группе казахов.
Ожидаемые результаты:
— за 2023 год: Будут сформированы экспериментальная и контрольная выборки для исследования и подготовлен биоматериал для проведения широкогеномного генотипирования и NGS-секвенирования.
— за 2024 год: Будет проведено NGS-секвенирование образцов ДНК из контрольной и опытной групп. Будет проведен биоинформационный и ассоциативный анализ для выявления патогенных мутаций связанных с клинико-морфологическими характеристиками больных.
— за 2025 год: Будет проведено SNP-генотипирование образцов ДНК из контрольной и опытной групп. Будет проведен биоинформационный анализ генетического материала пациентов с РПЖ и условно здоровых лиц по 654,027 SNP-маркерам, потенциально связанным с канцерогенезом. Будет проведен ассоциативный анализ методом случай-контроль, выявлены часто встречающееся полиморфные генетические варианты, являющиеся критическими для возникновения рака предстательной железы в казахстанской популяции.
По итогам реализации научно-технического проекта за весь период реализации проекта будут опубликованы:
За период реализации проекта будет опубликовано:
— не менее 3 (трех) статей и (или) обзоров в рецензируемых научных изданиях по научному направлению проекта, индексируемых в Science Citation Index Expanded и входящих в 1 (первый), 2 (второй) и (или) 3 (третий) квартиль по импакт-фактору в базе Web of Science и (или) имеющих процентиль по CiteScore в базе Scopus не менее 50 (пятидесяти);
— не менее 1 (одной) статьи или обзора в рецензируемом зарубежном или отечественном издании, рекомендованном КОКСНВО;
— либо не менее 2 (двух) статей и (или) обзоров в рецензируемых научных изданиях, индексируемых в Science Citation Index Expanded и входящих в 1 (первый) и (или) 2 (второй) квартиль по импакт-фактору в базе Web of Science и (или) имеющих процентиль по CiteScore в базе Scopus не менее 65 (шестидесяти пяти);
— либо не менее 1 (одной) статьи или обзора в рецензируемом научном издании, индексируемом в Science Citation Index Expanded и входящем в 1 (первый) квартиль в базе Web of Science или имеющем процентиль по CiteScore в базе Scopus не менее 95 (девяносто пяти).