Институт создан 1995 году в соответствии с постановлением Кабинета Министров Республики Казахстан от 7 апреля 1995 года №430 «О совершенствовании сети научных организаций Национальной Академии наук Республики Казахстан» и постановлением Президиума Национальной Академии наук Республики Казахстан от 5 мая 1995 года №36 «Об организации «Института общей генетики и цитологии» Национальной академии наук Республики Казахстан». В соответствии с Постановлением Правительства Республики Казахстан №151 от 1 марта 2010 года Институт был преобразован в Республиканское государственное предприятия на праве хозяйственного ведения «Институт общей генетики и цитологии» Комитета науки Министерства образования и науки Республики Казахстан. В 2020 году Постановлением Правительства Республики Казахстан от «21» октября 2020 года № 690 «О некоторых вопросах республиканских государственных предприятии Комитета науки Министерства образования и науки Республики Казахстан» Институт был реорганизован в Республиканское государственное предприятия на праве хозяйственного ведения «Институт генетики и физиологии» Комитета науки Министерства образования и науки Республики Казахстан путем присоединения к нему РГП «Институт физиологии человека и животных» КН МОН РК и РГП «Центральная лаборатория биоконтроля, сертификации и предклинических испытаний» КН МОН РК.